Kantor Kementerian Agama Kota Bengkulu merupakan instansi vertikal yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Propinsi Bengkulu, mempunyai tugas melakukan tugas pokok dan fungsi Kementerian Agama dalam Wilayah Kota Bengkulu berdasarkan kebijakan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi dan Peraturan Perundang-undangan yang berlaku. Kantor Kemenag Bengkulu berdiri pada tahun 1967.