1. Bintang bersudut lima melambangkan sila Ketuhanan Yang Maha Esa dalam Pancasila, bermakna bahwa karyawan Kementerian Agama selalu menaati dan menjunjung tinggi norma-norma agama dalam melaksanakan tugas Pemerintahan dalam Negara Republik Indonesia yang berdasarkan Pancasila.
2. 17 kuntum bunga kapas, 8 baris tulisan dalam Kitab Suci dan 45 butir padi bermakna Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia pada tanggal 17 Agustus 1945, menunjukkan kebulatan tekad para Karyawan Kementerian Agama untuk membela Kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia yang diproklamirkan pada tanggal 17 Agustus 1945.
3. Butiran padi dan kapas yang melingkar berbentuk bulatan bermakna bahwa Karyawan Kementerian mengemban tugas untuk mewujudkan masyarakat yang sejahtera, adil, makmur dan merata.
4. Kitab Suci bermakna sebagai pedoman hidup dan kehidupan yang serasi antara kebahagiaan duniawi dan ukhrawi, materil dan spirituil dengan ridha Allah SWT Tuhan Yang Maha Esa.
5. Alas kitab suci bermakna bahwa pedoman hidup dan kehidupan harus ditempatkan pada proporsi yang sebenarnya sesuai dengan potensi dinamis dari Kitab Suci.
6. Kalimat “Ikhlas Beramal” bermakna bahwa Karyawan Kementerian Agama dalam mengabdi kepada masyarakat dan Negara berlandaskan niat beribadah dengan tulus dan ikhlas.
7. Perisai yang berbentuk segi lima sama sisi melambangkan kerukunan hidup antar umat beragama RI yang berdasarkan Pancasila dilindungi sepenuhnya sesuai dengan Undang-Undang Dasar 1945
8. Keseluruhan makna lambang Kementerian Agama adalah melukiskan motto : Dengan iman yang teguh dan hati yang suci serta menghayati dan mengamalkan Pancasila yang merupakan tuntutan dan pegangan hidup dalam kehidupan bermasyarakat dan bernegara, karyawan Kementerian Agama bertekad bahwa mengabdi kepada negara adalah ibadah.

Pewarnaan, Gambar serta Jenis Huruf pada Logo Kementerian Agama

 (Lambang Kementerian Agama Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor : 717 Tahun 2006)