Hadirnya Kanwil Kementerian Agama Provinsi Bengkulu berawal dari penetapan Bengkulu sebagai Provinsi Ke-26 pada tanggal 18 November 1968 yang sebelumnya merupakan wilayah administratif dari Provinsi Sumatara Selatan. Saat itu Bengkulu terdiri dari 3 Kabupaten dan 1 Kota Praja, yakni (1) Kabupaten Bengkulu Utara (2) Kabupaten Bengkulu Selatan (3) Kabupaten Rejang Lebong, dan (4) Kabupaten Bengkulu. Saat ini Kanwil Kemenag Bengkulu beralamat di Jl.Basuki Rahmat No.10- Kota Bengkulu
Sesuai dengan Struktur Organisasi, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Bengkulu membidangi urusan ketatausahaan, Pendidikan Madrasah, Pendidikan Agama dan Keagamaan Islam, Penerangan Agama Islam, Zakat dan Wakaf, Haji dan Umroh, Urusan Agama Islam, Pembimbing Masyarakat Kristen, Katolik, Hindu dan Budha
